Keputusan sunat tentunya tidak hanya mempertimbangkan kondisi medis namun juga sesuai faktor kebudayaan dan keagamaan. Kondisi medis yang wajib membutuhkan sunat adalah, pertama fimosis dan parafimosis yakni kondisi ketika kulit prepusium sulit ditarik mundur melewati kepala penis.
Kemudian, balanopostitis yakni kondisi kemerahan dan bengkak, pada kulup dan kepala penis. Dan terakhir infeksi saluran kencing yang terjadi secara terus-menerus.
Terdapat beberapa kondisi medis yang tidak memungkinkan untuk dilakukan sunat seperti Hemofilia yang membuat darah sukar membeku, Hipospadia atau lubang saluran kencing di bagian bawah penis, lekukan pada ujung penis atau penis yang terpelintir, penis yang terpendam dan alat kelamin yang masih ambigu seperti mikrop penis pada kasus intersex.
Sederhananya, setelah dilakukan pembiusan kulit penis ditarik kemudian kelebihannya dipotong. Setelah itu bagian prepusium yang tersisa diletakkan di bagian belakang kepala penis sehingga kepala penis terbuka sepenuhnya dan kemudian prepusium dijahit.
Saat ini terdapat metode sunat baru yaitu dengan laser, sunat laser sebenarnya menggunakan alat listrik berupa electric cauter. Alat ini berbentuk seperti bolpoin dan memiliki dua lempeng kawat di ujungnya.
Ketika dialiri listrik, kedua ujung electric cauter akan memanas. Pada saat itulah electric cauter digunakan untuk memotong kulup penis dan langsung membekukan darah, sehingga prosedur ini dinilai minim resiko pendarahan.
Sunat bertujuan untuk menjaga kebersihan dan mencegah infeksi pada penis. Area di bagian dalam prepusium lembab dan hangat juga dapat merangkap cairan, sehingga jika tidak dibersihkan dengan seksama dapat mendukung pertumbuhan berbagai bakteri yang menyebabkan infeksi.